SD Kristen Petra 1 yang berlokasi di jalan WR Supratman 46 Surabaya merupakan salah satu sekolah yang dikelola oleh Yayasan Pengajaran Belanda (Stichting Nederlands Onderwijs). Sekolah ini merupakan Sekolah Belanda yang berada di bawah asuhan VOICS, yang ditutup karena adanya aksi Trikora yaitu Pemerintah Republik Indonesia terhadap Pemerintahan Belanda. Maka, pada tahun 1957 pihak Belanda (VOICS) mengadakan rapat sehubungan dengan benda miliknya yang tidak bergerak di antaranya persil yang berada di jalan W.R. Supratman 46, Surabaya. Hasil dari rapat tersebut memutuskan untuk menghibahkan miliknya kepada PPPK Petra. Untuk merealisasikan, maka keluarlah statement tertanggal 10 Januari 1958 yang terdaftar pada Kantor Notaris Anwar Mahjudin yang tercatat dan tertanggal 20 Januari 1985 No. 1175A. Dan terdaftar pula pada Kepaniteraan Pengadilan Negeri Surabaya tertanggal 20 Januari 1985 No. 56. Maka, sebagai dasar konsekuwensi Yuridis dari pendaftaran statement tersebut pasal 9, pihak VOICS dan PPPK Petra membuat perjanjian tersendiri tertanggal 24 Pebruari 1958.

Berdasarkan rapat Dewan Pengurus PPPK Petra Surabaya tertanggal 20 Juli 1958 mengubah Christelyke Lagera School di jalan W.R. Supratman 46, Surabaya menjadi sekolah rakyat yang memakai bahasa Belanda sebagai bahasa pengantar menjadi Sekolah Rakyat Kristen Petra 1. Penggunaan bahasa Indonesia sebagai bahasa pengantar dimulai tanggal 1 Agustus 1958. Maka, pada tahun 1958 berdirilah Sekolah Rakyat Kristen Petra 1 dengan Kepala Sekolah:

1958-1967	1967 – 1978
Ibu Gouw Loe Liong	Ibu Enny Tjandara
1978 – 2002	2002 – 2013
Sienta Gunawan, BA	Ita Susanti, S.Pd.
2013 – 2015	2015 - 2016
Yulianti Salim, S.Pd.	Dra. Juliati, M.M.
Periode 2016 - sekarang
Anna Amarawati Lomantoro, S.Pd.

Berdasarkan Surat Keterangan dari Direktorat Sekolah Swasta, Direktorat Jenderal Pendidikan Dasar dan Menengah Depdikbud Jakarta menerangkan bahwa NDS + NSS SD Kristen Petra 1 Jl. WR Supratman 46, Kecamatan Tegalsari Kota Surabaya:
NDS         : 1005300073
NSS         : 10.2.05.60.03.061

Sesuai dengan visi sekolah kami, yaitu “Menjadi Sekolah terbaik” dan misinya adalah “Mendidik para siswa menjadi pribadi yang beriman, utuh, dan dinamis,   berjati diri, intelek dan peduli terhadap sesama dan lingkungan. Maka dari itu, sumber daya pengajar SD Kristen Petra 1 terus berupaya meningkatkan mutu sekolah dengan mengikutsertakan pengajar dalam kegiatan pelatihan dan seminar.